2次構造予測装置

Secondary structure predicting device

Abstract

PURPOSE: To predict secondary structure with high precision in consideration of physical and chemical properties by inputting data, coded in a preprocessing layer by using the properties of an amino acid radical, to a neural network. CONSTITUTION: The preprocessing layer 1 inputs an amino acid radical array and generates data coded by using the properties of the respective amino acid radicals constituting the amino acid radical array, and the neural network 2 consists of an input layer which inputs the data generated by the preprocessing layer 1, an intermediate layer, and an output layer and learns and predicts two-dimensional structure. Namely, the amino acid radical is inputted as tutor data to the preprocessing layer 1, and the amino acid radicals constituting the inputted amino acid radical array are replaced with corresponding chemical and physical properties, which are inputted to the input layer of the neural network 2. When the difference between the output signal of the output layer and the tutor signal showing the secondary structure is larger than a specific value, learning is repeated so that the error decreases. COPYRIGHT: (C)1996,JPO
(57)【要約】 【目的】 本発明は、アミノ酸基配列をもとに2次構造 を予測する2次構造予測装置に関し、アミノ酸基の物理 ・化学的などの性質を表現したアミノ酸基のコーディン グを前処理層で行い、このコーディングしたデータをニ ューラルネットワークの入力とし、物理・化学的などの 性質を考慮した2次構造予測を実現することを目的とす る。 【構成】 アミノ酸基配列を入力とし、当該アミノ酸基 配列を構成する各アミノ酸基の性質を用いてコーディン グしたデータを生成する前処理層1と、この前処理層1 によって生成したデータを入力する入力層、中間層およ び出力層からなるニューラルネットワーク2とを備える ように構成する。

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